并派遣自己堂兄桓修为北府兵统帅，驻扎京口，刘牢之恐怕桓玄恩将仇报，便想起兵再叛，但部下不愿背负骂名而纷纷离散，刘牢之心灰意冷，自缢而亡。
桓玄篡位，逼死恩帅刘牢之，身在京口北府兵大营中的刘裕心中不服，但自知实力弱小，只能暂时接受桓玄所受官职，与北府兵统帅桓修虚与委蛇。但刘牢之统领北府兵多年，甚得军心，刘牢之亡故，北府兵将士皆为其抱不平，刘裕借机串联兵士，笼络军心，伺机改旗易帜，恢复晋室。
公元404年2月，刘裕见时机成熟，便借打猎之机，聚集北府兵将士一千七百余人，入营诛杀北府兵统帅桓修，北府兵将士共推刘裕为统帅，于京口起事，以恢复晋室之名，传檄四方，桓玄篡晋，不得人心，江南各地守将纷纷起兵响应，诸路义军共推北府兵统帅刘裕为盟主，讨伐大楚皇帝桓玄，且桓玄所带兵马多为北府兵出身，见刘裕统领北府兵高举义旗，亦尽皆归附，数月之间，桓玄主力尽损，刘裕领兵攻入建业，桓玄只得率残兵败将逃回荆州，但兵败如山倒，桓玄部众离散甚多，其只得逃往梁州，于途中被部下所杀，刘裕率部众迎请东晋皇帝司马德宗复位。
此时刘裕已成东晋朝廷之中流砥柱，其不断领兵出击，平定江南各地割据势力，历经数年征战，终使东晋之半壁江山恢复安定，同时，东晋朝政大权也逐渐掌握于刘裕手中。
公元410年初，东晋大将刘裕领兵北伐，灭亡南燕，其在东晋朝中声望更盛，刘裕又历经数年对政敌打击和征伐，已然成为东晋朝廷的无冕之皇，刘裕见自己实力雄厚，威望甚高，逐渐萌生对东晋朝廷的不臣之心。
公元417年，刘裕再次领兵北伐，并且击败北魏，灭亡后秦，收复洛阳、长安等地，东晋举国上下对其赞誉无以复加。虽然刘裕领兵退回建业，关中尽被胡夏所占，但其在朝中地位仍然显赫无比，改朝换代尽在刘裕掌握之中。
若知东晋国运如何，天下大势终向何方，请看下章。