可是经过杨达、阎毗等人实地考查以后，他们发现纸面上的「南达于河，北通涿郡」永济渠并不合理，而问题主要是出现在永济渠南段。
首先是沁水多沙易淤积、清水流量有限，累计起来的水量推不动大船，而且沁水携带的大量泥沙必将沉入河床之中，使之很快就不能使用。其次永济渠南段所位于的河内郡地势平缓，水流自东向西走河内郡温县，再进入黄河，但水势冲击力远不如逆向的黄河，一旦黄河水灌入运河南段，黄河水携带的泥沙必将慢慢沉在水流平缓的运河河床之中。
三首结合起来，他们认为如果照着既定的路线修了，那么永济渠南段不出几年时间，便会彻底报废，即使朝廷疏浚了，之后又会反反复复，得不偿失。
因此建议朝廷放弃河内郡这一段，把永济渠南段改借丹水、清水、淇水济漕，而永济渠的入河口由此被定位在汲郡汲县一带，而不是原先说的西方的河内郡温县，至于被放弃的永济渠南段，借助黄河河床即可。
对于这个建议，杨广答应了。
然而不久以后，细细考查的阎毗却又说中段、北段的设计也不合理，他认为原有的河流、湖泊乃是沿岸农田不可或缺的灌溉用水、百姓不可缺少的饮用水；要是朝廷把它们连成一气、使这些河流湖泊的水都引走干净，那么这些河流湖泊的水位必然下降，灌溉不了「上面的」农田；最后百姓和农田全都受到巨大影响。
有鉴于此，他建议中段、北段贴着河流走，而不是使用原有的河道、湖泊；如此一来，永济渠所利用的水，实际上就是从天然河流、湖泊益入出来的多余的水，并没有破坏原有的「生态系统」，而原先的「生态平衡」也得到保障。
永济渠的水又如何解决呢？他认为丰水时节根本就不受影响，反而是解决了河北的洪涝灾害，至于枯水时节，水量肯定是不够的，但是朝廷可以把周边的湖泊当作一个个巨大的「水库」，朝廷可以将湖堤加高加固，然后用这些湖泊平时蓄水，一旦永济渠水量不够、推不动大船，再打开闸门放水入永济渠。而那些被加高加固湖泊水，日后既能灌溉以前灌溉不到的地方，又能在干旱之年，保证现在的农田不受影响。
对于这个建议，杨广同样是听取了，毕竟他要修的是一条名留青史、千载能用的大工程，而不是劳民伤财的一时之功。既然这些良方都对，而且兼顾了方方面面的利益，并且完美的解决了一切隐患，那他又有什么不答应的呢？
只是如是一来，很多天然河道、湖泊、旧有
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